一艘隶属美国的核潜艇在关岛左近消逝，后经日本方面证明该潜艇已因事故遇难，而防卫军在调查进程中居然还在海底发现庞大生物的存在。与此同时，新泻妙平地、鹿儿岛池田湖、小笠原诸岛等地接连发作猛烈的地震和人员伤亡事情，关于50年前那头大闹日本的哥斯拉的恐惧记忆相继在人们的脑中复
　　BS电视台女记者立花由里（新山千春 饰）近期正与同事调查接二连三的怪兽事情，从一个微妙老人的口中得知，所谓哥斯拉其实是太平洋战争中丧生的人们的冤魂聚集而成的怪兽，核潜艇事故惹起的核泄漏似乎不测将哥斯拉唤醒。与它一同清醒的还有被称为护国神兽的巴拉哥、摩斯拉、基多拉。日本外乡面临绝后的灾难……