阴沉时节，江户川柯南（平地南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的同伴们一同分开京都，他们行将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的觉得，时期还结识了美丽又有着几分微妙的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）谁知快乐的气氛很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消逝的自卫队员又惹起军方的恐慌与猜想原来某国微妙特务X已悄然登上宙斯盾，乘机盗取战舰上的绝密情报。 为了找出隐藏的对手，柯南和灰原哀（林原惠美 配音）、阿笠博士（绪方贤一 配音）、服部平次（堀川亮 配音）以及远山和叶（宫村优子 配音）通力协作，与特务展开连番斗智斗勇的竞赛……