19年后，印第安纳琼斯博士（Harrison Ford饰）再次启程，旨在将埃克托王国遗失的水晶骷髅头骨归恢复地——传说中，出借圣物者将被赐予庞鼎力气在琼斯的老友奥克斯发现水晶头骨前，这一切还只是传说。可奥克斯之后却不知何故丧失了心智，并落入苏联特工队的手中。为首的冷漠女特务艾瑞娜（Cate Blanchett饰）深深着迷于所谓的奥秘力气，她胁迫琼斯一行人与其共同前往亚马逊流域，找寻丧失的黄金城埃克托王国。在秘鲁密林，琼斯等人和苏军展开淋漓尽致的战役，其间还随同着沼泽、食人蚁、原始土著攻击等致命要挟，在他们历经千难万险，最终踏入密室的那一刻，世界上最奇特的现象出现了……