在火星发现的奥秘箱子――“潘多拉魔盒”翻开的瞬间，庞大的墙壁突然出现！故事由此末尾。被称为“天空之墙”的墙壁把日本列岛联系为三局部，并由此降生了各自的首都「东都」「西都」「北都」。 其中在“东都”有被称为Smash的未确认生命体出现并暗中把人类逼入绝境。在Smash面前而出现的，是一位青年，其腰上戴着腰带、 手上握着不可思议的瓶子 。「变身！」―― 青年天赋物理学者变身为假面骑士Build，阻挠在Smash的面前！