某日，一群运用风遁之术的空忍空袭火之国，有数民众和忍者遇害，情势危殆据纲手大人所言，这群不速之客正是在第二次忍者大战中落败的空之团，如今他们怀着复仇之心再次出现。卡卡西（井上和彦配音）等人则担任侦查空之团的老巢，鸣人（竹内顺子配音）,小樱（中村千绘配音）,雏田（水樹奈々配音）授命组成三人医疗小队，协助名医神农（石塚運昇配音）前往其徒弟雨琉的家乡治疗伤者。另一方面，不可救药的大蛇丸得知神农的再生之术业已完成，他命佐助（杉山纪彰配音）前去寻觅神农。这也促进佐助和昔日同伴宿命的重逢……