1949年，束缚军战争束缚新疆，新疆军区成立，甘祖昌担任后勤部副部长。事先，敌特支持投机倒把分子新疆扰乱物价，大肆垄断黄金银圆，妄图从经济上困死束缚军，甘祖昌低价将银圆投入流通市场，打击奸气焰，动摇市场，动摇新疆政局。其后，敌特分子为报复甘祖昌制造车祸，令他头部重伤。1955年甘祖昌被授予少将军衔，和他同村同时退伍的李保山则授校衔。李对甘很妒忌，违纪后被解职回乡。甘祖昌脑震荡后遗症严重，自觉不在适宜效劳军队，加之回家后看到家乡虽束缚但生活仍贫穷，自请辞职，投笔从戎，回到老家江西莲花县沿背村。回乡后，他不辞辛劳，继续为家乡经济树立做贡献。他扫除万难，修整水旱田，修建水库，创立公社农科所等，使农民生活大有改善。甘祖昌不恋高位而选择贡献，不图享用而甘于妥协的肉体成为指导干部的典范，时代的先锋。