突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的庞大生物与军队交火。危殆之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷漠地命令：驾驶称为“EVA”的庞大人型机器人与使徒战役。本已表示拒绝的真嗣，看到重伤的替补驾驶员绫波丽后，决议遵从父亲的命令。就这样，从未受过作战训练的真嗣，预备驾驶EVA初号机迎战使徒。不时袭来的使徒，身份不明的绫波丽，从德国来的驾驶员惣流·明日香·兰格蕾，14岁的少年要面对远超自己才干的应战。而碇元渡若无其事地观察一切，一个称为“人类补完方案”的微妙方案正在依照他的方案完成。