故事发作在1926年的纽约,彼时,麻鸡们对魔法师的抵抗到达了最高峰,由玛丽露（萨曼莎·莫顿 Samantha Morton 饰）所指导的反魔法组织活动频繁。与此同时,街头巷尾之中时时发作的种种灾难不测让魔法世界的存在离暴露仅有一线之隔,整个魔法部堕入了绝后紧张的气氛之中。 

就在这个节骨眼上,周游世界停止着研讨神奇魔法植物之举动魔法植物学家纽特（埃迪·雷德梅恩 Eddie Redmayne 饰）抵达了纽约,他随身携带的魔法手提箱里,装着几十种他一路营救的魔法植物们,而他的一举一动,均处于附属于魔法部的前傲罗蒂娜（凯瑟琳·沃特森 Katherine Waterston 饰）的监视之下。一场不测中,麻鸡雅各布（丹·福格勒 Dan Fogler 饰）误拿了纽特的手提箱,并且放出了藏在箱子里的魔法植物,为此,纽特、蒂娜、雅各布和蒂娜的妹妹奎妮（艾莉森·苏朵儿 Alison Sudol 饰）不得不踏上了寻觅魔法植物的旅途