日暮戈薇是就读于国中三年级的15岁普通小女生，某日，她偶然经过家中神社的枯井离开了500年前的战国时代。时狼烟四起，妖怪横行，人世大地水深炽热。戈薇在御神木那里邂逅了被封印的半妖犬夜叉。50年前，意欲变成真正妖怪的犬夜叉，为了失掉四魂之玉结识拥有弱小灵力的巫女桔梗。经过一段时间相处，两之间发生了感情。犬夜叉因此希望变成人类，而桔梗也计划在污染完四魂之玉后过回普通人的生活。但是，对桔梗心存邪念的盗贼鬼蜘蛛将灵魂和肉体献给妖怪，继而转生变成罪恶的半妖奈落。在他的一番挑唆下，犬夜叉被桔梗封印在神木之上，重伤的桔梗也在悲伤绝望中死去。 桔梗转生的戈薇挽救了犬夜叉，却不慎将四魂之玉射成碎片。为了找回碎片，她和犬夜叉以及随后遇到的同伴：七宝、弥勒、珊瑚踏上了充溢困难险阻的旅途……