2000年血腥元旦夜，贤知（唐泽寿明饰）一派拼尽全力阻遏“冤家”的人类灭绝方案，但他们的统一以失败告终。是夜事前，贤知一派被诬为屠杀人类的恐惧分子，而“冤家”则堂而皇之成为了救世主，为万众膜拜和敬仰。2015年，贤知的甥女远藤神乃（平爱梨饰）已生长为特立独行的青春女孩，她十分反感教科书对舅舅的污蔑，经常和教员发作争论。最终，校方决议将她和另一位曾对血腥元旦夜提出质疑的女孩小泉响子（木南晴夏饰）送入“冤家乐园”。与此同时，曾在“冤家乐园”接受改造的异装癖女子偶然得知“冤家”的秘密，被警方杀害。目击这一幕的神乃决议进入“冤家乐园”一探求竟。另一方面，新的万国博览会将在日本召开，罗马教宗亦会在此时造访日本。被关在萤火虫集中营的阿区（丰川悦司饰）越狱而出，贤知一派幸存的同志们纷繁聚首。在这个暗潮汹涌的时辰，人类的命运将再次改写……本片依据浦泽直树同名漫画改编。（影片简介中触及的人名均以原著漫画中文版翻译为准）