一年一度的七夕行将到来，东京、神奈、静冈、长野等地却接连发作六起连环杀人案，被害者身边皆留下麻将牌中的七筒和奇特暗示由于作案范围过大，各地警署探员纷繁聚到东京警署的专案组共同研讨案情，毛利小五郎也被约请参与，柯南则偷偷听取了会议的内容会后，柯南有意中听到群马县警部山村操哼唱的童谣，继而发现有黑衣组织的成员混进警察中间。在一次围捕举动中，柯南遇到假扮人质的Vermouth，得知近期一连串的杀人案件与存有组织外部人员资料的记忆卡有关。与此同时，潜入警察外部的特务偷偷盗取工藤新一和柯南的指纹，新一的身份眼看被粉饰，庞大的风险正向他和身边的人急速袭来……